贝拉四世对此深感不满, 意识到妻子不可能主动交出权力后, 他开始联合曾与他为敌的旧贵族, 试图发动政/变囚禁妻子, 但狄奥多拉王后提前得知消息，反过来抓捕了贝拉四世和旧贵族们, 当着全宫廷和全体市民的面, 她衣衫不整地跪在贝拉四世面前, 歇斯底里地控诉着她是多么地爱他和他的国民, 她给他生了四个孩子, 全心全意地辅佐他的统治, 换来的却是他如此绝情的对待，她的泪水是如此真挚, 令贝拉四世几番动容，想要原谅自己的妻子并与她重修旧好, 但狄奥多拉很快擦干泪水冷静地宣布由于她的丈夫已经不再忠诚和仁爱, 她决意让自己的长子继位, 自己则代为摄政。三个月后, 贝拉四世在软禁处意外身亡，狄奥多拉悲痛欲绝，为丈夫举办了隆重的葬礼，但丧夫之痛并不阻碍她继续统治。
在她的长子安德烈三世成年后，他开始对母亲的独断专行不满，狄奥多拉的回应是把儿子送上与蒙古人对抗的前线，他在第二年便战死沙场，由他的弟弟继位为贝拉五世，贝拉五世生性软弱，对母亲唯命是从，而狄奥多拉王后始终对他保持着严格的控制，母亲的强势与压制被认为是导致贝拉五世无子早逝的原因。到了1250年，在狄奥多拉王后多年来的铁腕政策下，匈牙利的行政机构大量为希腊官员掌控，民众则崇慕罗马文化，旧贵族们要么战死沙场要么被处死，她的第三子拉斯洛四世继承王位，拉斯洛四世和母亲的关系相对良性，他忠实执行着母亲的执政策略，但拉斯洛四世的情人身份卑微，不能与他结婚，故他的继承人是他的姐姐玛利亚的女儿伊丽莎白（玛利亚十九岁即因产褥热去世），这意味着当拉斯洛四世和伊丽莎白去世后，阿尔帕德王朝在匈牙利的统治亦将宣告终结。
得知故国的变故，狄奥多拉王后立刻动身前往君士坦丁堡，她写信痛斥阿兰爵士对西蒙一世的背叛，并要求以君主的名义亲自审判侄儿通奸的妻子。狄奥多拉的来信被希腊贵族们视为和平解决争端的机遇，作为塞萨尔一世的女儿，她同样有着对皇位的继承权，而由她宣称玛格丽特太后的两个孩子都是私生子也不会招惹非议，况且她已经丧夫，按照帝国的传统，他们可以通过与狄奥多拉结婚名正言顺地登上皇位，更令他们惊喜的是，米海尔·杜卡斯也很快宣布他将忠于狄奥多拉王后，这预示着他们可以不付出代价便掌控篡权的成果，只待狄奥多拉王后回到君士坦丁堡，他们便可以坐地分赃。直到这个时候他们才想起来，西蒙一世的尸体还被搁置在大皇宫，他们匆忙将死去近一月的先皇装进棺材，用大量的香料来掩盖异味。
狄奥多拉先是在色雷斯地区与米海尔·杜卡斯会合，而后即刻向君士坦丁堡挺近，进入圣索菲亚大教堂后，她立刻关上了教堂的大门，堂而皇之地坐上她父母加冕时的皇座。“当我的父母在世时，你们或者你们的祖先都是他们忠诚的大臣。”她用温柔的嗓音道，“但现在，我看到的是一群叛徒，叛国罪将由君主裁决，如果你们的君主躺在棺材里，那就由我代为审判。”
这场单方面的审判中，狄奥多拉及其军队杀死了三十七名贵族和二十一位修士，穹顶圣母的注视下，教堂内人头滚滚，她随后剥夺了这些人的所有家产，以叛国和亵渎上帝之名，她随后通过逼供问出来软禁阿兰一世的地方，亲自接他回到大皇宫，但察觉动静后阿兰一世厉声尖叫，语无伦次地阻止他们靠近自己的妹妹，狄奥多拉王后不顾阻拦越众而入，这才发现安娜公主已经死去多时，阿兰一世目睹了妹妹从生病到死去，至少三天的时间里，他与妹妹的尸体为伴，哄着她，给她讲故事，连看守他们的修士都以为小公主只是睡着了。
1260年7月10日，经历了三个月的混乱后，阿兰一世正式加冕，他的父亲、舅舅和妹妹被安葬在他父亲为他母亲修建的那座小教堂中，他的母亲还活着，但已精神失常，她拒绝任何人的靠近，抱着两个枕头抗拒旁人接近，尽管她的儿子就坐在她面前。“如若掌握权力，软弱即是原罪。”在阿兰一世失魂落魄地离开母亲的房间时，狄奥多拉如此对他说，“愚蠢亦是。”