不过尽管夫妻二人在政治上配合无间，但二人的感情生活一直丰富多彩，二人的长女狄奥多拉公主被现代dna技术证实并非阿兰一世的亲生女儿，而阿兰一世至少有三个私生子在1275年至1290年间出生，对他们唯一的婚生子阿莱克修斯，阿兰一世颇为不满，盖因后者生性柔善，同情曾被血腥镇压的教会和旧贵族，阿兰一世认为儿子毫无君主的气度，“他会将灾难带给所有人”，但当阿莱克修斯在18岁时去世时，阿兰一世仍然痛不欲生，“我呵斥他，对他不满，可我从没想过我会失去他”。
针对继承人的问题，阿兰一世很快和伊丽莎白皇后达成了共识：他宣布他将传位于他的长女狄奥多拉，并立刻安排女儿和伊庇鲁斯将军的次子曼努埃尔·塔罗尼特结婚－－－人尽皆知后者是阿兰一世寄养在亲信家中的私生子。
阿兰一世是否清楚他钟爱的长女的身世问题自由心证，但这确实是一个能令所有人都满意的结果，由于阿兰一世从未承认过曼努埃尔的身世，即便是教会也挑不出他们婚姻的毛病。狄奥多拉公主容貌美丽、意志坚定、野心勃勃，被认为非常肖似她的曾外祖母狄奥多拉王后，她的名字亦因纪念她而来，在她的兄长阿莱克修斯在世时，狄奥多拉便曾经屡次呵斥他的行为，而当她成为了继承人，她也出色地履行了自己的职责，她早早意识到了圣经派的威胁，并清楚“我们的敌人不过是一些绝望的农民”，她处置了狐假虎威、横征暴敛的官员，并仿效塞萨尔一世设置了“公主法庭”，她很快赢得了爱戴，当她的车驾经过街道时人们争相恐后地亲吻她的帘幕，是以公主在多数时候都选择秘密出行。
阿兰一世对“女儿”和继承人非常满意，他计划在自己的外孙出生后便正式立女儿为共治皇帝，并计划给自己的外孙起名凯撒以向王朝的开国之君致敬，但他的爱女在难产中去世，她的儿子也在出生三天后夭折，她的丈夫伤心欲绝，两年后也因抑郁消沉而死－－－阿莱克修斯皇子去世时，阿兰一世十分悲痛，但狄奥多拉公主的去世则令他绝望，他开始发疯，歇斯底里，他的妻子和钟爱的情人也不能令他情绪平稳，整整一年的时间，帝国上下都活在提心吊胆中。
到了1295年，阿兰一世总算不再逃避继承问题。他和伊丽莎白皇后尚有一位在世的婚生女，十七岁的海伦娜公主，她的美丽更甚于她的姐姐，但才智远不能及，更为棘手的是，海伦娜已经结婚，对象是米海尔·杜卡斯之子，君士坦丁·杜卡斯，他们从小一起长大，海伦娜狂热地爱着君士坦丁，哪怕后者并不忠诚，但除此之外，令阿兰一世更不满意的是君士坦丁和去世的阿莱克修斯皇子亦是密友，他们同样主张恢复教会和旧贵族的权利，“让我们在上帝的指引下重获幸福”，阿兰一世起初根本不想让君士坦丁做自己的女婿，是狄奥多拉公主为了妹妹的幸福求情：“成全他们吧，只要我活着，海伦娜一定会幸福的，如果有一天君士坦丁不再能讨她欢心，我就砍了他的头”。
若他的继承人还是睿智的狄奥多拉公主，阿兰一世或许还可以容忍海伦娜和君士坦丁，但无论如何他都接受不了让他们成为他的继承人，“她愚蠢，天真，被男人的花言巧语迷昏头脑。如若掌握权力，软弱即是原罪，愚蠢亦是。”
“可她是我们的女儿！”伊丽莎白皇后申辩道，“血脉赋予她继承的权利，当她哥哥哥姐姐去世，她就应该是女皇，如果你要否认海伦娜的继承权，那就连我一起否认吧！”
夫妻二人就此反目成仇，和曾经塞萨尔一世和安娜一世的克制不同，阿兰一世和伊丽莎白皇后都不吝扩大争斗的范围，令帝国几乎撕裂，从1295年到1298年，帝国的政治陷入混乱和黑暗，小亚细亚地区开始出现叛乱，阿兰一世希望和皇后暂时休战一直对外时，伊丽莎白皇后却宣称除非他立君士坦丁·杜卡斯为共治皇帝，“否则你别想让他父亲的部队替你平叛”，忍无可忍的阿兰一世彻底和妻子撕破了脸，他派自己的私生子出征，并开始筹谋与伊丽莎白离婚并武力吞并匈牙利，他有这个能力，但同样顾及后果，“这是个灾难，而且也不是我的父亲和姑祖母期望的。”
“如果是我母亲的话，她期望如此。”伊丽莎白的舅舅，年迈的匈牙利国王拉斯洛四世回答说，“没有什么比塞萨罗亚家族的强盛更令她欣慰了。”