有关君主与宗教的关系, 塞萨尔一世在《论战争》中也曾详细阐述，他回避提及上帝（或者其他神明）是否存在的问题（这使得他究竟是不是无神论者直到今天都是热门学术议题），但他明确否认了教士阶层是上帝使者, 他认为宗教事实上是人对现实生活不满而催生的产物，随着生产力的提高，宗教也应顺从时代做出改变，他肯定了撒拉森教相对于基督教的进步性, 但仍认为任何教派都不应该凌驾于世俗权力之上，“君主可以表现得虔信宗教，但不能为宗教所迷惑”。
尽管塞萨尔一世的宗教观很可能是出于提高他身为君主的权威的目的, 但毋庸置疑, 他的宗教观在中世纪的虔信之风中可谓是石破天惊, 他很可能受到了祖父亨利二世和父亲理查一世的影响, 前者一直试图从教会手中夺得司法权以获取司法独立，但最终因挚友托马斯·贝克特的背叛和死亡功亏一篑, 而后者虽获封基督教圣徒, 却展现出超乎时代的宗教宽容, 他很可能受到了他的一生之敌, 阿尤布王朝的第一任苏丹萨拉丁·本·阿尤布的影响, 他郑重其事地安葬他, 并一直珍藏着萨拉丁留给他的一封书信，他夺回圣地所收获的声望更多被他应用在保护撒拉森平民的权益中。
父辈对宗教的实用主义策略被塞萨尔一世实践得登峰造极, 早期，他与英诺森三世关系密切, 二人主导的两次十字军东征令教廷声威大震, 但同样也给新生的王朝带来了安稳的外部环境, 在地缘环境不再恶劣后, 塞萨尔一世便通过经济和文化的密切交流来维持与十字军国家的联系，对穷兵黜武继续东进则兴致缺缺，对境内的宗教矛盾，他也采取了相对温和的策略，尽可能地促进世俗层面的融合并调和冲突，这样的政策受到平民的爱戴，但毋庸置疑令教廷不满，只是作为一个在希腊和埃及实现了稳固统治的天主教君主，塞萨尔一世毕竟还是具备相当强的象征意义，因此格里高利九世尽管对其不满乃至憎恨，却始终不敢真正得罪他。
但这并不代表塞萨尔一世的宗教策略是无懈可击的，他非常清楚天主教和正教以及在帝国境内占据人口比重越来越高的撒拉森教之间的矛盾一直存在，为了不刺激他的养子和女婿腓特烈二世，他没有松口承认他的幼子狄奥多西或者孙子西蒙的继承人身份，这令他在妻子去世后和希腊贵族们的关系更加微妙和疏离，只是他的威望仍对帝国的稳固有利，希腊贵族们尽管对未来存在忧心，但也不愿主动破坏平衡。
可在继承危机和宗教危机叠加的情况下，对宗教问题的放任绥靖无疑会对他继承人的统治构成隐患，在妻子去世后，塞萨尔一世终于不再回避这个问题，《论战争》中，他直白地阐述了“应以世俗的法律代替宗教的戒律”，而他也不愿再放任教士阶层占据庞大的教产和政治话语权，是以《诫圣法令》中，他明确限制了教士积攒教产、干预政治等一系列权利，要求教士需恪守戒律、清贫度日，将财产归还给平民。
这一主张很可能受到了他童年时生活的法国南部的清洁派和西多会教士的影响，但塞萨尔一世不论是在理论还是实践中都比二者更加科学，他否认绝对的禁欲主张，肯定教士和平民都应该从劳动中获取财富，同时他将教士遗留出的空白在一定程度上让利贵族，使后者也成为宗教改革的支持者。
和他势同水火的格里高利九世诡异地在他颁布法令的前期对他表明支持，一方面，他乐见塞萨尔一世的行为对正教权威的打压（虽然塞萨尔一世对罗马境内的天主教教士也一视同仁），另一方面，在尝到宗教实用主义的甜头后，欧洲大陆上的各大君主也都不愿牺牲自己的利益来维持教皇的权威，这令格里高利九世进退两难。
不过，教皇并非没有机会做出反击，随着改革进入深水区，塞萨尔一世开始动用武力，胁迫教士交出财产，这令一些虔诚的贵族们也开始对他的行为不满，认为他被魔鬼蛊惑，而罗马教廷，格里高利九世意外得到了一份手稿，欣喜若狂的他将之视为上帝赐予他打败魔鬼的神谕，遂通告欧洲，宣称塞萨尔·塞萨罗亚是僭取皇位的第七位敌/基/督/者，他是天主的敌人，是恶魔在人间的化身，他对他施以绝罚，并号召整个欧洲的基督教徒一起对抗异端。