家庭关系上，他和塞萨尔一世的长子理查·塞萨罗亚关系密切，直到晚年腓特烈二世都还在惋惜着后者的早逝，对他疼爱的第二个儿子凯撒·霍亨斯陶芬，他称他“和他的外祖父和舅舅非常相似，看到他就像看到小时候的理查一样”，同时他还和塞萨尔一世的长女埃莉诺·塞萨罗亚订立了口头的婚约，她后来成为了她的第二任妻子，关于这段婚姻，他形容：“在埃莉诺出生时，我就下定决心要爱她，娶她，我要让我的孩子拥有我父亲的血脉，我确实得偿所愿，但我们的婚姻最终以互相憎恨收尾。”，而塞萨尔一世则表示：“我爱他，教育他，我渴望阻止与他为敌的命运，但我最终失败。”
作者有话说：
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第136章 塞萨罗亚王朝史（9）
值得一提的是, 腓特烈二世和他名义上的养母安娜一世很可能关系并不融洽，他的回忆录中很少有和安娜一世接触的记录，即便提到也多以“我父亲的妻子”或者“奥古斯塔”代称, 这样的关系很可能促成了安娜一世在执政时期的两次继承风波中都激烈地反对腓特烈，只是这样的矛盾起初并不认为会影响大局。
在腓特烈二世的回忆录中，他声称在他的父亲抛弃他之前他从未有过背叛他的想法，但根据多方的记录, 他在奥托四世还没有去世时已经对后者的野心有所忧虑，并开始和教廷合作。曼恩战役后，安茹联盟大获全胜, 奥托四世因此开始谋求霍亨斯陶芬家族在德意志西部的领地, 包括富庶的勃艮第地区和本该作为他第一任妻子施瓦本的贝亚特丽斯（施瓦本的菲利普之女）嫁妆的施瓦本公国, 腓特烈二世可能不在意霍亨斯陶芬的家族领地, 但他必须担心奥托四世的下一个意图是否是西西里王国所属的卡普亚与那不勒斯。
这一地区的稳定同样威胁着教廷，是以双方确实存在着合作的基础, 只是在他们还没有公开反对奥托四世时, 奥托四世便在狩猎中意外去世, 身在意大利的腓特烈二世立刻由教皇洪诺留三世加冕为神圣罗马帝国皇帝。在腓特烈二世看来, 这是一个两全其美的选择, 他可以不再担心奥托四世对自己的威胁, 同时还可以继续维持和养父的亲密关系，但他的养父并不这样想。