游戏剧情中。
《cheers！魔法少女☆》的主线剧情起于一桩惨剧。
序章的名字是《降临》，而第一章 节则是《疑案》。
主角在被召唤后降落新手村，村子里民风淳朴，主角受到所有人的尊敬爱戴。
不过这当然不够，异世界怎么能缺少妹子呢？身为前村长女儿的天才少女爱丽丝与主角一见钟情，成为主角的可爱小迷妹。
虽然许多玩家善意地戏称爱丽丝是“村姑”，但是爱丽丝确实可爱，这位高亮十八岁成年高亮少女的定位是纯净天真，她不仅是游戏的看板娘，而且还是主角的第一张强力战斗卡，擅长各种刀具，定位单体狙击，拥有狂暴输出，只要用心培养就能成为团队核心输出般的存在。
主线剧情里，主角带着小迷妹进入村子后的神木林探寻神迹，而当他们下山后却发现村里里爆发了惨绝人寰的惨案，村中所有人不论老幼妇孺全部惨死。
在一系列解密过程后，主角竟然在村长家的后院里发现了——此处应有高能——被啃食的骨骸。
所有的一切都被“吃的”干干净净。
这非常不和谐的剧情耸人听闻，更令人震惊恐惧的是，犯下惨案的凶手也是人类。
于是主线剧情就以主角追查食人魔为开端，直到结局才找出真凶结束。
20
苏云缓步走入那剩下的六重立柱中。
六
方柱子上有着他熟悉的六个印记，它们分别是茉莉花、长枪与太阳、皇冠、骸骨与鲜花、圣书与十字架、纤细的锁链。
这里关着六个人，代表六种瘟疫，也就是神灵的造物。
而苏云现在就是这位神灵。
很奇怪的，苏云在此时突然就觉得十分愤怒。
谁敢杀了他的孩子们？并且将他们封印在此？
苏云转身看着爱丽丝，这个在游戏里是可爱少女的孩子此时正担忧地望着他，清澈的眼眸倒映出他的影子。
“我的神。”爱丽丝微微皱着眉，坚定道，“请不要担心，其他人会一一苏生的！我们只需要等待就好！”
等待……等待瘟疫会接连苏醒吗？和爱丽丝一样？那倒是不错。
苏云笑了，他摸了摸爱丽丝的头：“好孩子。”
21
游戏剧情中。
《cheers！魔法少女☆》的第二章 节，名为《圣洁》。
在这一章节中，玩家带着同伴爱丽丝遇到了第二个主线角色，虔诚的特蕾莎。
特蕾莎，温柔的修女，在治愈的术法上天赋异禀，定位是能治疗的修女术士，也就是广大玩家口中的“奶妈”。
特蕾莎是单体奶妈，一次治疗一个单位，但是她的“奶量足够”，一次就能灌满友方小半管血，可谓值得培养且好用的回复单位。